В 1941 году в район прибыло 311 семей (1 537 человек) спецпереселенцев из Автономной республики немцев Приволжья.
14 декабря 1941 года на станцию Заводоуковская в теплушках были привезены дети из блокадного Ленинграда. 155 детей работников архитектурного, художественного и литературного фондов и 15 сопровождающих их, взрослых. Все на подводах были отправлены в Емуртлу.
В 1942 году в каждом хозяйстве района продолжали функционировать субъекты мелкой промышленности – это кузницы – 47; шерстобитки – 9; хлебопекарни – 43; маслобойки – 10; мельницы – 24, в том числе: механических – 3, ветряных – 12, водяных – 9; сапожные мастерские – 15; деревоотделка – 33.
В 1942 году в районе имелись 3 МТС – Буньковская, Суерская, Емуртлинская.
6 февраля 1943 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Упоровский район был включён в состав Курганской области.
В 1943 году в район влились колхозы, которые относились к территории Видоновского, Киселёвского, Нижнеманайского, Пантелеевского, Пятковского сельских Советов. Это произошло в связи с сокращением территорий Новозаимского района на основании Указа Президиума Верховного Совета СССР. На территории Упоровского района стало 64 колхоза и 1 совхоз. Они существовали до 1950 года.
14 августа 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Упоровский район включён в состав Тюменской области.
В 1941-1945 гг. в Тютринском интернате жили 160 детей-ленинградцев, а в Пятковском нашли приют более 400 ребятишек.
В 1945 году – несмотря на лишения военного времени, в Упорово открыт райпромкомбинат, в настоящее время здесь располагается мебельная фабрика. Комбинат охватывал 10 отраслей, в том числе овчинно-кожевенное, гончарное и кирпичное производство.
Всего за годы войны на фронт из Упоровского района ушло 5 360 человек.
Жители района принимали активное участие в сборе средств для фронта, отправляли бойцам тёплые вещи, прoдукты, собирали денежные средства на строительство авиаэскадрильи "Тюменский комсомолец" и танковой колонны "Боевые подруги". Учителя района принимали активное участие в сборе средств на постройку танковой колонны "Народный учитель".
На постройку танка "Упоровский школьник" от учащихся школ района было собрано сорок шесть тысяч четыреста двадцать семь рублей.
